Kebangkitan Intifada pada 2001 menyebabkan helikopter tentera Israel mengebom Khan Yunis secara besar-besaran Ogos 2001 dan Oktober 2002. Khas Yunis merupakan kubu kuat golongan radikal Hamas.

Di utara Khan Yunis akan kelihatan perseimpangan Kissufim yang dahulunya menjadi lalu lintas tentera Israel menuju ke Gush Katif. Bangunan-bangunan di situ menjadi kubu serangan hendap terhadap tentera dan sesiapa yang berani lalu lalang.

Pada 2 Mei 2004 Tali Hatuel ditembak dari bangunan-bangunan di Khan Yunis.